Имеется на короткий срок SSH ROOT доступ к серверу оооочень плохого человека, который кинул на очень много денег. Там крупный интернет магазин на BITRIX.

Все удалять скучно, да и восстановят. Что действительно можно сделать на очень долгий срок, так сказать навредить плохому человеку.

отправлять заказы в разные точки на почту )

Тоже скучно! Можно какой-то вирус для apache или самого сервера закинуть, который будет долго им вредить?

Можно скинуть бэкдор. Пригодится потом

Скинь доступ на сервер в общественний доступ ))

номера клиентов отправить в интим салоны. Незнаю почему но популярность упадет.

В "зажигалку" в Ростов-он-Дон отнеси клиентскую базу.

Если есть доступ к юзерскому аккаунту под которым работают пхп-скрипты то можно попробовать порутать сам сервак. И в случае успеха восстановление из бэкапа уже не поможет)

[UPD]

Чёт я не заметил что рутовый доступ итак есть. Ну если он есть то вообще не вижу никаких проблем.

Как его найти и скинуть - не могу найти!

ядро пропатчить, чтобы он во все хтмл файлы писал iframe с инсталлом