Disabled PHP Functions: ,exec,passthru,system,shell_exec,popen,proc_open,p cntl_exec,putenv,link,symlink

Нужно сделать backconnect, но под средством шела не выходит.

Не подскажите как решить данную проблему?

Попробовать задействовать другие интерпретаторы, использовать переполняшки в конкретных версиях PHP и иные ухищрения https://rdot.org/forum/showthread.php?t=3309. В случае с FastCGI можно пообщаться с сокетом напрямую https://rdot.org/forum/showthread.php?t=3217.