Если на BadUsb записано что-то, что навредит системе, то как его потом вставить в свой комп для перепрошивки? Нигде не нашел ответа на этот очевидный вопрос.

Для перепрошивки чего?
Подобные устройства вставляют в компьютер первый раз, чтобы они зарядились.
Второй раз эта флешка просто разрядится в USB порт, выведя его из строя или весь комп.

Там обычно нет контроллера, который за что-то мог бы отвечать.

Если же ты имеешь в виду некое устройство, которое выполняет какой-то код,
то так или иначе, оно определяется как usb устройство,
которое после выполнения инструкций, точно так же отразится в Arduino IDE
или там, где ты его шьёшь.

Речь идёт не о "USB killer", а про BadUsb (Rubber Duck), При выставлении в порт устройство распознаётся как клавиатура (например), и с нее поступают комбинации нажатий клавиш

И.е. если я вставлю ее в порт, когда винда будет заблокирована, то ничего не произойдёт?

Как вариант подключаться по ISP через USB программатор или другую ардуинку.