Это не баг, а фича в обработке BAT-файлов.
EGB по Ctrl+C или по Ctrl+Break прерывает свою работу безо всяких вопросов, а вот обработчик BAT-файлов при нажатии Ctrl+C действительно задает вопрос, но ответ на него уже не важен, т.к. это нажатие клавиш передается EGB (см. выше).