RewriteRule ^thread\/([0-9]+)\/$ thread.php?id=$1 [L,QSA]

Вот так у меня работает, если лежит в .htaccess в корне того, откуда идет вызов, так что нех.

Проверил на своеём форум http://site.ru/forum/thread.php?id=101

где такой .htaccess лежит в папке

/forum

RewriteEngine On
RewriteRule ^thread\/([0-9]+)\/$ thread.php?id=$1 [L,QSA]

ЗЫЖ СНГ