Ещё как может! Не все готовы ждать пока прогрузится флеш!
1) Теряешь уже зашедших посетителей.
2) Гугл учитывает время нахождения посетителей на сайте и те сайты, где посетители не задерживаются отправляются в песочек! (из за флеш они как раз и не будут у тебя задерживаться)