>> а какой еще мб выход для передачи информации на сервер?

Попробуйте хекс тогда, тут уже вообще полюбому проблем быть не должно.

>> неправильно декодируется 2 половина файла

скорее всего, трабла как раз при декодировании. Попробуйте Base64Encode/Decode в своей программе (в смысле все руками реализуйте), будет ли возникать такая ошибка. даже чисто ради интереса. Если скрипт/та "стороння утилита" раскодируют неверно, а у вас 2 процедуры кодирования/декодирования работают хорошо, то проблема уже не в вашем алгоритме.