al072, определи какая функциональность тебе нужна от программы, если большая программа, с возможностью развития, то стоит сделать отдельно ядро и плагины, ядро (сервер) будет только принимать команды от клиента и загружать и устанавливать плагины и передавать команды от клиентов плагинам, а плагины сделать уже функциональными - файловый браузер, редактор реестра и тп.
Насколько я понимаю это легальная утилита, а не троян, поэтому ядро стоит сделать службой. сначала создавай службу (она же сервис) потом можно создать класс сокет, можно открыть порт на прием (определить разрешено-ли это брандмауэром и тп), можно обращаться к клиенту если у компа нет внешнего IP и тп. затем создать обработчик который будет разбирать команды, запускать поток исполнения (например загрузка и установка плагина) или передавать команды плагинам и отправлять ответы клиенту. Можно сделать и без плагинов - написать все вместе, что-то можно сделать в подключаемых библиотеках (dll в венде).
Это как я представляю - сам не писал таких утилит.
Главное сделай красивый удобный клиент иначе ни кто не будет пользоваться твоей утилитой.
PS надеюсь не трояна пишешь.