Заранее извиняюсь,что не прочитал всю тему,но нельзя ли выполнить phpinfo() для просмотра safe_mode = On

Если РНР запущен в виде CGI модуля, то safe mode полюбому отсутствует.Также при юзании include,fopen(),file() и других функций safe mode даст о себе знать.Можно попробовать позапускать сценарии в различных каталогах(функциями system(),exec(),popen(),если они работают). Опять же будет попытка ругани со стороны сервера на то,что ты откроешь чужой фаил.Значит,опять сейф мод стоит.То бишь сразу будет ясно,что стоит директива safe_mode_exec_dir.Ещё можно попробовать создавать файлы с помощью php функций в других каталогах.Если будет ругаться - опять safe mode.Вообще,при safe mode,будут введены ограничения на следующие функции:

chgrp include require
chmod link rmdir
chown passthru symlink
exec popen system
fopen readfile unlink
file rename

Если со всеми ними будет неладно,то 100% стоит safe mode.Пробуй)