Сегодня пробовал w3af под никсами. Собственно, опишу мои действия, чтобы было меньше вопросов.
Будем считать, что питон уже установлен в системе. Скачиваем архивчик w3af_1.0-rc2.tar.bz2 с SourceForge и распаковываем себе в домашнюю директорию, например. Для удобства пользователя почти все нужные библиотеки есть в этом архиве. Чтобы их установить нужно:

cd ~/w3af/extlib/fpconst-0.7.2/
sudo python setup.py install

cd ../pygoogle/
sudo python setup.py install

cd ../SOAPpy/
sudo python setup.py install

cd ../pyPdf/
sudo python setup.py install

Далее после этого, если попробуем запустить w3af он скажет, что таких-то компонентов нет и предложит их заинсталлить:

sudo apt-get install graphviz
sudo apt-get install python-pyopenssl

cd ~/w3af/w3af_gui

Вуаля, можно работать: