а ты все таки так пробовал:
# zcat /proc/config.gz > /usr/src/linux/.config
# make oldconfig
# дальше собираешь ядро
.?
P.S. ты когда копируешь пересобранное ядро у тебя /boot примонтирован? а то в fstab'e он стоит как немонтируемый при загрузке! И новое ядро ты в grub.conf указываешь?