C точки зрения файловой системы каталог - это обычный файл (кстати поэтому и нельзя одно и то же имя использовать на одном уровне). Вирмейкеру предусмотреть такую ситуацию (удаление папки) - не составит труда, просто добавить лишнюю команду на удаление каталога перед удалением файла и всё.