Также использую NTFS на флэшке. Делаю немного по-другому: для корня создаю двух пользователей: "Все" и мой профиль на домашнем компе (далее "homeprofile"). Для "все" устанавливаю разрешение на чтение, листинг, чтение атрибутов, чтение прав. Для homeprofile все то же, плюс изменение прав и владельца. В итоге корень запрещен для записи из под всего, чего угодно. homeprofile с возможностью изменения прав наследуюется во все дерево ФС. В корне есть папка Obmen, у которой пользователь "все" имеет все права, кроме изменения прав и владельца. Папка служит для записи данных с других компов. Аналогичный пользователь "все" стоит на некоторых папках/файлах портабельного софта (которые нуждаются в перезаписи при работе прог). В итоге я имею: запрет на запись везде из под всех пользователей, кроме папки Obmen и юзердиры/юзерфайлы портабельного софта, изменить права можно только на моем компе под моей учеткой. Если нужно что-то поменять в структуре флэшки (например, создать папку в корне), в корне пользователю homeprofile на моем компе временно выставляю "разрешить все" (вся флэшка становится доступна для записи, т.к. право наследуется), меняю что нужно, возвращаю исходные права. Все устраивает вроде