На сколько я знаю по другому нельзя...либо включен автозапуск с флешки, либо ее нужно открыть!
на сколько я понимаю, загрузочный сектор используется при загрузке ОСи с флехи...а в нашем случае он использоваться не будет

поправьте если ошибаюсь