на скриповых языках такое делается так
забивается файл в массив и если строка совпадает она в массив не включается

для справки символ переноса строки \n = 0x0A \r = 0x0D
берем строку из файла (все до символа \n) и сравниваем с той которую надо удалить. если не совпала записываем в файл...