С каких это пор винда является POSIX совместимой?
popen() ф-ция НЕ из стандартной библиотеки а является сис. вызовом POSIX систем.
Насколько я знаю в винде есть _popen() которая аналогична popen() _http://msdn.microsoft.com/en-us/library/96ayss4b%28VS.80%29.aspx