как вариант настроить дефолтовое устройство для записи - линейный вход второй карты.
И потом уже прогой делать звукозапись в WAV формате и там анализировать звуки которые поступают. Главное фильтровать шум. или подавать сингал определенной частоты с отпределенной длительностью, чтобы можно было его выделить нормально.