Можно закачивать все обновления в папку, например, update. В неё же поместить скрипт на php, который будет перемещать все файлы из этой папки на уровень выше. Можно перемещать и вручную, если есть shell на этом сервре. Поскольку перемещение файла с одного места на другой на сервере - очень быстрая операция, то пользователи вряд ли это заметят.