Я имею ввиду что это проект опенсорс, изменить его сорцы(лоадер)+добавить как бы обфускатор, после запаковать бинарник в upx или ещё что нибудь. Это лучше чем .pyc.
т.е.? ты имеешь в виду что cx-freeze умеет паковать только 1 скрипт? Я тестировал свой скрипт состоящий из нескольких файлов(main.py, ac.py, etc.py). Указал cx-freeze скрипт ./main.py и он добавил в бинарник все остальные.