ненавязчиво....
делай exe со значком папки в корне флешки, при открытии его запускай explorer.exe flash:\subfolder\ для вида и делай свое дело.
То что не отображаются расширения в настройках по умолчанию - это да
таким образом сколько-то лет назад один мой препод попал на правильные ответы ко всем вариантам
у него тоже авторан блокаровался антивирусами, аж двумя сразу