Если ресурс Билдером открыть ресурсный файл, и добавить информацию о версии, откомпилировать, то версия будет.
ЗЫ Иконку тоже нельзя изменить - что-то с ресурсвми. Заменил главный ресурсный файл файлом с чистого проекта - нифига.
ЗЗЫ В проекте используется не один res файл.