Тоже недавно столкнулся с таким поведением(непонятные байты из потока читаются). Ubuntu/g++. После долгого перерыва решил написать что-то на С++ - это оказалась лаба по криптографии - шифровщик файлов на основе простой сети Фейстеля. Возникла такая же проблема. Подумал что совсем забыл с++(не притрагивался года полтора - писал на java только) - погуглил, попробовал некоторые варианты - ничего не работало. После этого окончательно разочаровался в с++ как в языке программирования - слишком много времени на такую банальщину потратил и все безрезультатно - это просто позор для языка. Взял и переписал все на java - на это ушло времени в разы меньше чем гугление ошибки на с++. Все сразу заработало. На c# я уверен все так же реализуется без проблем.