Это называется сбрутили админку, видимо у тебя банальное расположение /admin.php и ты его не менял, но слава богу что с админки можно править только Шаблоны, тоесть что тебе нужно сделать:
1. Скачать с фтп действующий шаблон с папки templates, и проверить его на наличие любых JavaScript's или Ифреймов, думаю сможеш отличить код счетчика от абфусцированого JS. Если у тебя на сайте есть возможность выберать шаблоны пользователям, то прийдется перепроверить все шаблоны, либо выбрать один а остальные удалит с фтп. И незабудь сменить стандартный адрес к админке.