В центосе очень старое ядро, насколько помню 2.6.18, но это совсем не означает, что оно дырявое. Просто майнтейнеры дистрибутива поддерживают его. Про софт:

Апач нужно запускать в mpm, например, я использую mpm_peruser, который позволяет запускать все окружение виртуального хоста от определенного пользователя. Если заинтересует, могу подробней рассказать. + бэкапы бд и файлов спасут, если сайт будет взломан. С похапэ не забываем про basedir, но это защита от дурака.

А вообще, тема слишком обширная. Можно книгу написать.