Не суть важно.. my.ini и my.cnf это одно и тоже. В денвере, например, будет my.cnf. Если ставить всё по отдельности апач+пхп+майскл и тд, то тогда my.ini вроде бы. Киборг не сказал что там у него стоит =)
В любом случае править нужно там.