WTF?oO , файлы находящиеся за корнем отличаются от кодировки файлов находящимся в каталоге сайта т е файлы читаются в кодировке, отличной от их изначальной кодировки. Надо искать что то в пределах сайта/на другом сайте, если есть доступ:

Так же можно найти путь к логам, и послать в них данные в кодировке, в которой они читаются и выводятся.