Как-то я поимел довольно жирный сайт из за кривой настройки апача.

Файл залитый в виде shell.php.jpg выполнился как php без каких-либо дополнительных действий.

А так нужно смотреть как там заливка выглядит. Допустим, если заливать можно только через редактирование текста, то, вероятнее всего, там будет какой-нить TinyMCE, через который не зальешь.

Но практически в любом сайте есть самописные формы аплоада для баннеров, вложений и прочего. Вот через них и нужно пробовать.