Там скорей всего стоит CVS(или ей подобное) и идёт синхронизация файлов с другим сервером...из-за чего, все твои изменения и удаления бекапяться к исходному состоянию...

Выход: искать доступ к второму серверу(с которым настроена синхронизация) или рутать сервак.