Это нормальная ситуация. Точно также стоит две системы на hdd, решается обновлением загрузчика grub.
Чтобы избежать этой ситуации изначально, сначала всегда ставится winа потом kali.
Если же винду ставить второй, то будут вышеуказанные вопросы.