Плохо дело.Если стандартные настройки удалить,то лучше его банально переустановить.
Идём в консоль: Ctrl+Alt+F2 или F1
# apt-get update
# apt-get --reinstall install gnome-terminal
Настройки параметров находятся в файле bashrc в домашней директории.
Ну и на всякий случай дам ссылки по теме настроек:
https://help.gnome.org/users/gnome-...profiles.html.ru#create-profile-from-existing
https://compizomania.blogspot.ru/2012/11/ubuntu_29.html