зря так делать!

так надо делать

apt-get update
apt-get dist-upgrade

apt-get upgrade ставит новые пакеты забив на зависимости, совместимости и т.д. Вот и обновился.

зайти в сейф моде режим, поднять сеть, сделать
apt-get update
apt-get dist-upgrade
ребут и пробуем. Внимательно читаем что пишет система во время обновления