Если внимательно почитать, то если обновлять систему вот как было сделано, то падает и Кали и Попугай. Обновляем систему парвильно и будет счастье! никогда не стоит обновлять apt-get upgrade - качает новые пакеты, но какие они, стабильные, с зависимости вообще не ясно и толку что потом делается apt dist-upgrade, запоминаем

apt-get update
apt-get dist-upgrade

Можно поискать в чем отличие этих команд и станет еще все яснее.

Все! И прослужит попугай долго и счастливо. У меня на 4 машинах так уже год обновляется и подобных проблем не было.