Может я ошибаюсь (поправьте если что), но по моему EFI стоит на отдельной микросхеме, после включения "машинки" он ищет загрузчик на диске и даёт ему команду на запуск ОС. Если весь диск будет ext4, то на нём после установки Кали должен быть GRUB 2.02 . В ручном режиме пробовал разметку делать?