Вопрос интересный,но вполне саморешаемый.Верно подметили,настройки там нужно добавлять отдельно.
А привычное окно с сетевой прокси-службой отсутствует.Народ решает скриптами,добавлением отдельных конфиг-файлов .
Но причин для волнения нет.По дефолту,когда систему устанавливаете,она идёт со средой gnome.

Самый,до глубины простой способ остаться с tor privoxy и средой xfce - не торопиться устанавливать последнюю.
Устанавливаем и настраиваем перенаправление трафика через tor privoxy по известным инструкциям в среде gnome.
Скачиваем компоненты и пакеты со средой xfce и переходим на неё после этого.(У меня ничего не удалено из этих сред)
В терминале пробуем проверить адрес # curl ident.me , и если появляется ошибка "отказано в соединении"-это хорошо.

При условии конечно,что появление ошибки при настройках не убирали.
Пробуем запустить службы (# service tor start и # service privoxy start) ,проверям соединение в терминале и браузере.
В двух словах : никуда настройки не слетают при переходе на xfce,если не удалять NM . При необходимости докачать wicd.