После установки, большая часть утилит стартует через команду в терминале без проблем или через т.н ярлык в меню, некоторые, коорые скачены ( к примеру с гита ) могут запускаться и без установки - тот же python. Если запускаем утилиту из меню в Кали и там что то бысро промельнкуло на черном экране - значит надо запускать это в консоль ( чазе всего ) указав параметры для запуска. Еще раз рекомендую - написать сюда свои программы, с которыми есть вопросы. Решим и начнете вникать