Минусы перла:
1) Нету комунити. Вернее, почти нету.
2) ООП через "анальное отверстие". Про перл6 с его модификаторами классов я вообще молчу. Когда я их впервые увидел — плакалъ.
3) Неподдерживается. Где там perl6, который Ларри Уолл обещал в 3 четверти 2005 года? При том, что уже тогда были рабочие версии.
4) Тормоз. Очень медленный. К примеру питон быстрее более чем в 2 раза(тесты сам проводил, могу дать ссылку).
5) Мало актуальных модулей и библиотек. Даже последняя версия perlQt датирована 2002 годом. И так примерно со всем.
6) Синтаксис. Хотя перл в этом не "лидер". Есть ведь язык brainfuck Чтобы понять пару строк кода, надо прочитать то, что написано выше, а все благодаря переменным по умолчанию. Что уж говорить о постусловиях: чтобы понять логику при просмотре чкжого кода приходится смотреть не только на структуру программы и начала строк, но и читать строки целиком!

Плюсы перла:
Их нет.
Для той же обработки текста(для чего и был разработан перл) набор никсовых утилит(grep/sed/awk) годится гораздо больше. А функции PHP для обработки текста гораздо богаче.