все будет шоколадно )
в данный момент rsync заберет файл как есть, при сл синхре забере уже новый. Даже если в этот файл постоянно что-то будет писаться. ему все равно. только что сам проверял, чтобы убедиться. Еще могу даже больше сказать, что есть решения которые используют rsync как бекап данных. Что в принцыпе похоже на синхронизацию. Есть еще один момент. К примеру в папке, Которую надо синхронизировать есть три файла, но после первой синхронизации кто-то удалил один файл и уже там два файла. В rsynct есть опция, котороя может при синхронизации удалять файлы и приводить оба каталога к одинаковому состоянию ПРоще всего прочитать ман и побаловаться с натсройками.
т.е. при синхронизации всегда есть потеря информации, т.к. это не репликация данных.