По части того, что написал уважаемый Ereee, я не смог проверить, т.к. в подобных делах - 0... просто опасаюсь, что залью чего не того или чего намудрю, что возникнет еще больше вопросов...

По части вредоносного кода нашел рекомендацию на ai-bolit.php, который выдает список (возможно) зараженных файлов... запустив команду со скриптом ни чего выявлено не было.

Может быть есть что то простое как то, что привел выше, но надежнее показывает?