GNOME Commander - мой выбор. есть плагины и т.д.
легко переносится из учетки в учетку, с компа на комп с сохоранением всех фтп,ssh паролей логинов
впрочем они также легко и читаются из его конфигов (есть смысл шифровать домашнюю папку от греха подальше)