мой большой опыт работы с различными ФС под линукс показывает, что кроме ext3 ничего другого использовать не стоит, если не хотите потерять все данные или поиметь кучу файлов с 0 длиной, особенно если питание на сервере не стабильно.
тот же reiserfs страдает частичной потерей данных или обнулением файлов, в интернете полно тем с описанием этих проблем.
так что только ext3 и ничего больше. ext4 пока еще сыроват.