До загрузки файлов установки Windows, будет предложен список разделов, в какой устанавливать Windows. Вот в нем можно и нужно тупо удалить все разделы, кнопка "D", курсор навести на раздел. Затем создать один, или несколько NTFS разделов, если память не изменяет, кнопка "C". Продолжить установку, а линуксовый загрузчик винда затрет сама.