Не все обновляется. Лучше делать apt-get dist-upgrade
С этим не соглашусь. Иногда спрашивает что-то типа "Установить файл конфигурации из пакета или оставить существующий". Конечно, если данный файл конфигурации не изменялся, лучше заменить из пакета, а когда вносились свои настройки, лучше оставить существующий.
Вот например, я недавно обновлял свою систему, и обновлялась самба, он у меня спросил заменить или оставить /etc/samba/smb.conf И я как идиот сказал "заменяй дружок". А о том, что все настроенные шары слетят я и не подумал даже. Хорошо что он бэкап конфигов делает, которых заменяет. Так бы пришлось опять все прописывать. А так, переименовал и все.