вам бы "собсна" изучить основы администрирования в linux надо
xampp тут ни при чем

лучше в дефолтную папку ничего не выкладывать, пусть 403 error выдает.

в конфиге апаче прописываете настройки для нового сайта и работаете.
лучше создать отдельного юзера для этого и сайт размещать в его папке