Еще неплохой вариант настроить squid в транпарент прокси, а потом используя iptables зафорачивать траф на него. Тогда пользователям не прийдется прописывать прокси у себя в настройках. И вообще все будет совершенно "не заметно" для пользователя. К томуже ты сможеш например блочить при необходимости определенные страницы и т.д.

К тому же учти, что если у тебя включен форвад на этом линукс сервере (а если он инет раздает то скорее всего он включен), то сквидом ты не решиш проблему с торентами и другими приложениями, поскольку они будут проходить "мимо" сквида.

Если стоит задача зажать любой проходящий трафик, посмотри в сторону срипта htb (для его работы нужен iproute2).

Можно сделать вобще модно и скомбинировать прозрачный squid и htb, тогда ты сможеш и следить и регулировать хттп/фтп трафик и отраничить весь остальной траф как хочеш и для каждого ип по своему.