Из приложенных к вашему сообщению картинок сделан вывод, что вы используете в своей виртуалке ЛВМ т.е. как раз шифрованный диск - так понятней?

Шифрованные же диски чувствительны к бэт-блокам и даже виртуальным...

ЗЫ. В состав ВмВари входит утилита для лечения виртуальных дисков - не пробовали воспользоваться?