У меня стоит iptables + прозрачный squid + биллинг от NetUP(UTM5). если тебе скорость резать не надо, можно оставить как есть, если надо резать, то ставишь статический шейпер, в комплекте есть динамический. Так же можно навалить QoS.....
У меня работает уже 2 года, проблем нет.
В этом случае абсолютно весь трафик учтён, по всем портам и хранится в MySQL. благодаря прозрачному прокси можно отслеживать все сайты, которые посещал пользователь....