На сервере крутится БД? Если да, то посмотри что с ней творится - может есть какие-то проблемы в оптимизации или же медленные запросы висят толпами и грузят процессор. То же касается и скриптов на твоём хостинге.

И хорошо бы написать какая конфигурация железа, статический или динамический IP, может проблему не там ищешь...

P.S. DDOS лучше всего определять и ликвидировать с помощью iptables+limit+log, в нете масса инфы на эту тему.