В то время, когда я сталкивался с проблемой, в гноме можно было пойти в настройки клавиатуры, на вкладку с раскладкой, и настроить, как себя ведут вин-клавиши. Настраиваете, чтобы они вели себя как mod4 (иногда называется Hyper)) и вуаля. Можете настраивать комбы в стандартной тулзе для хоткеев.

(PS. Зря вы с генты ушли )