В vsftpd надо установить параметры anon_umask и/или chown_upload_mode
В proftpd - директива Umask

И лучше запросить доступ к консоли, сейчас в большинстве хостингов такая возможность есть. Гораздо удобнее чем фтп и надежнее при передаче файлов.