обычно теряют в производительности, конечно. чем сложнее программа, тем больше теряет. я вот пользуюсь периодически photoshop cs3 под wine. работать можно, по скорости загрузки примерно аналогично винде (то есть тормозит и там, и там), но есть лаги - панельки инструментов плохо прорисовываются например. то же самое с flash cs3.
ms office 2003 работает также как в винде.
игры - многие не запускаются, те что запускаются обычно работают))
вот недавно установил rome total war - все отлично идет, немного задумчивее, но это по-видимому по причине композитного менеджера окон